まあ、漢字等が混在した環境だと「濁点がついたカナはヒットしない」なんて事には気付きませんよね。単純に検索精度が悪くなったとしか感じないはず。
私の場合、顧客別ノートに山根式袋ファイルルールの「○○○・名前」という名前を付けているので、ひらがな3文字(○○○)で検索する事が多く不具合にいち早く気付いたのです。
Evernoteのサポートにも連絡済みで、連絡してから既に4回くらいアップデートがあったのですが、未だに治る気配はありません。iOS版にはないMac版だけの不具合のようなので「検索ワードに濁音は使わない」という対応をユーザー側でするしかありません。
ま、濁点を取り除くだけなので難しい作業ではないのですが、濁点を取り除いて検索する癖が付くと今度はiOSでヒットしなくなるのが悩ましいところです...当面は「Macは濁点を取り除く。iOSは濁音のまま」これしかありません。